哥斯达黎加《民族报》8月6日报道，哥斯达黎加全国乳品生产商协会主席阿尔瓦罗•科托•基思（Alvaro Coto Keith）表示，电子发票被要求在交易时实时签发，并通过电子邮件发送给客户；然而，奶农每2天向工业生产企业送一次奶，而这些企业为了花时间对产品质量进行评估，每周向奶农进行一次费用结算；并且，巴拿马奶农的平均年龄超过50岁，操作财政部提供的免费电子发票软件很困难；此外，很多农场根本收不到互联网信号，发邮件成了难题。

该协会已就以上情况向国家税务部门提议对《所得税法》第11条做出注释，将牛奶生产者视为农业部门参与者，不必提供电子发票。目前，国家税务部门仍未就该提议做出官方批示。

同时，旅游企业也对实行电子发票制度表示为难，原因也是电子发票必须在提供服务时开具，但有些地点的网络质量很不稳定，甚至无法连接。

此外，哥斯达黎加旅游业商会主席萨里•巴尔维尔德（Sary Valverde）表示，有时客户要求旅游企业出具带有宣传册编号或导游信息的发票，但这些内容在财政部提供的电子发票格式中却无法添加。

电子发票制度也引发了出口商们的忧虑。哥斯达黎加出口商协会负责人安德烈斯•甘博阿（Andrés Gamboa）表示，电子发票的主要缺陷之一在于向第三方的付款，因为企业向财政部报告的内容不仅是收入，还包括其他款项。

“报关行，或是其他与对外贸易有关的中介服务公司大多会面临这一情况：向客户提前代收付给第三方的佣金和其他费用，而电子发票系统通通将它们识别成了收入。” 甘博阿解释说。

来自世界知名会计师事务所德勤（Deloitte）公司的法律及税收专家卡拉•科吉（Carla Coghi）表示，电子发票中无法体现具有追溯效力的日期，因此有时无法保证在港口交付的货物就是最终出口的货物。

另外，目前哥斯达黎加出口业界，对享受免税区政策的企业在展开业务时是否需要出具电子发票也存在争议。